1957-ben Szentendrén alapították meg Néphadsereg első Központi Tiszthelyettes Iskoláját, amely 1963-ig működött. Ezt követően 1963-1996 között működött a Kossuth Lajos Katonai Főiskola, ami parancsnoki szakos tisztképzés fellegvára volt.

A honvédelmi miniszter a 26/2001. sz. határozatában 2001. augusztus elsejével az MH részeként megalapította a MH Központi Tiszthelyettes Szakképző Iskola és Kollégiumot.

Az intézmény 2003. május 29-én felvette a Kinizsi Pál nevet. A következő évben a MH Kinizsi Pál Tiszthelyettes Szakképző Iskola neve 2004. július l-jén MH Kinizsi Pál Tiszthelyettes Képző Központra változott. A Képző Központ részévé vált a Tiszthelyettes Szakképző Iskola, élén igazgató vezetővel.

Új szervezetként a 2005 nyarán a HM 95/2005. határozatával megalakult a MH Szentendrei Kiképző Központ. Alaprendeltetésként a szerződéses legénységi állomány, a tiszti hallgatók, a tiszthelyettes képzésre felvett hallgatók alapkiképzését, illetve vezetői képzést és előmeneteli tanfolyamokat hajt végre, jogutódja a 2005. októberében megszüntetett MH Tapolcai Kiképző Központnak. 2007-ben az MH Szentendrei Kiképző Központ megszünt, jogutódjaként július l- jével megalakult a MH Központi Kiképző Bázis az alapkiképzési feladatok végrehajtására. A vele párhuzamosan mükõdő, de kiszolgáltsági rendjébe utalt MH Kinizsi Pál Tiszthelyettes Szakképző Iskola továbbra is az altiszt képzésért felelt.

2011. november 15-én megalakult a MH Központi Kiképző Bázis és a MH Kinizsi Pál Tiszthelyettes Szakképző Iskola összevonásával a MH Altiszti Akadémia. Az Akadémia önálló dandár jogállású szervezetként működött tovább egészen 2020-ig, amikor a Hadkiegészítő-, Felkészítő és Kiképző Parancsnokság megszünésével létrejött az MH Transzformációs Parancsnokság, s ennek a szervezetnek kõzvetlen alárendeltségében folytatja jelenleg is feladatait.

2024. június 15-től az Altiszti Akadémia nem minősül közoktatási szervezetnek, jogutód intézménye a Kratochvil Károly Honvéd Középiskola és Kollégium. A 2024. július 15-ig végzett hallgatók anyaga a jogutód irattárában találhatóak és onnan kérhetők  ki.